День мучений, и из-за чего? Надеюсь кому-нибудь поможет избежать напрасной траты времени.
Итак, при установке Vmware View Connection Server мы СНАЧАЛА разрешаем получать сертификат типа "веб-сервер" у нашего СА для наших CS-серверов.
Затем получаем сертификат у нашего СА.
А уж потом ставим сам CS.
Иллюстрация сказанного:
Разрешаем получать сертификаты типа Web-server нашему будущему Connection Server на нашем доменном центре сертификации (ВНИМАНИЕ! это должен быть или корневой ЦС, или, если это подчиненный ЦС - сертификат должне включать всю цепочку до корневого ЦС). Открываем оснастку ЦС, Шаблоны сертификатов, пр кнопкой - Управление. В примере - ЦС на 2003 контроллере домена.

В открывшемся окне выбираем шаблон Веб-сервер, пр кнопкой - Свойства.

В открывшемся окне во вкладке Безопасность добавляем наш будущеий сервер CS, если сервер не виден - выбираем в Тип объекта также и Компьютеры.

Затем идем на наш будущеий CS-сервер, открываем оснастку ММС, добавляем Сертификаты - Локального ПК. Пр кнопкой на поле - Создать запрос. Ставим галку напротив Web-server, жмем ссылку на настройку атрибутов сертификата:

Заполняем поля атрибутов, хватит следующих - Common Name \ Country \ Locality \ Organization. Также не забываем заполнить поле Alternate Name \ DNS, пишем то же самое что и СN:

Дружественное имя делаем именно таким - VDM - зачем-то в мануалах vmware много на это указаний, может там внутри чего привязано именно к этом имени

Обращаем внимание, что ключ должен быть не менее 2048 символов. Иначе потом начнутся какие-то грабли при работе всей структуры.

ОК, Apply, готово.
Теперь можно ставить сам Connection Server, он не станет создавать самоподписной сертификат, а будет использовать вот этот, уже готовый.